美国密歇根大学和日本北里大学,分别于2月24日和2月13日在天然产物领域发表两篇高分文章。文章中的两种天然产物都涉及到了绝对构型的鉴定,而两位作者都舍弃了传统的鉴定方式,选择了目前行业内新兴的MicroED技术。
摘要:Xyloketal B是一种五环真菌海洋天然产物,已显示出能够治疗阿尔茨海默病和动脉粥样硬化等疾病的潜力。在这里,我们报道了这种天然产物的首次不对称合成,其依赖于化学酶促策略。该方法利用生物催化苄基羟基化来获得邻醌甲基化物中间体,该中间体在 [4 + 2] 环加成中被捕获,从而立体选择性地产生关键的环状缩酮中间体,然后到达 (+)-缩酮缩酮 B。使用MicroED快速确认该中间体的相对构型为所需的立体异构体。为了完成合成,通过还原方法获得第二个邻醌甲基化物,最终(+)-二甲苯酮B被立体选择性合成。
合成(+)-二甲苯酮B途中的关键环缩酮中间体由MicroED确认立体构型。
摘要:在我们的抗真菌筛选计划中,一种名为 hakuhybotrol (1) 的新聚酮化合物,连同六种已知的类似物,cladobotric acids F (2)、E (5)、H (6) 和A (7)、pyrenulic acid A (3) 和 F2928-1 (4),从寄生真菌 Hypomyces pseudocorticiicola FKA-73 的培养液中分离出来的。
化合物 1 的结构是通过高分辨率质谱和1D、2D NMR综合分析确定的,并通过化学衍生化、单晶 X 射线衍射 (SCXRD) 和三维电子衍射/显微相结合确定的电子衍射(3D ED/MicroED)确定其绝对构型。化合物 4 的相对构型被修正,其绝对构型通过转化为化合物 1的手段被 确定。化合物3-7对唑类敏感和唑类耐药的Aspergillus spp表现出抗真菌活性。对真菌病的病原体Candida auris也体现出相同的抗性。其中,最有效的抗真菌类似物4和5是在Hypomyces sp.菌类寄生的活蘑菇的MeOH提取物中 检测到的。从自然环境中收集的菌株,显示出对蘑菇的抗真菌活性。我们的研究结果表明,重寄生真菌是抗真菌药物先导化合物的有用来源,3D ED/MicroED对天然产物的结构解析非常有效。
Hakuhybotrol的绝对构型由MicroED 确定,后又通过SCXRD的数据进行对比,对比结果证明MicroED的结果是一致和可靠的。
这是首次通过3D ED/MicroED直接阐明天然化合物的绝对构型,并通过衍生化和SCXRD证实。
MicroED技术为何会在天然产物领域受到亲睐?这取决于该项技术独有的优势。同样作为晶体学结构解析手段,MicroED只需微小的纳米尺寸晶体即可收集衍射数据,针状晶体和粉晶的结构也是强项。这就省去了最耗时间的单晶培养流程,同时,由于对样品的需求量小,且能够在混合物中完成独立成分的结构解析,使得这一手段完美解决了天然产物产量低、物相不纯的痛点。最后,MicroED同样可以判断化合物的手性,与X射线衍射具有同样的效果。
这项新兴的结构解析技术,不仅仅快速地在天然产物领域产生影响,同样在结构生物学及有机材料领域发挥着重要作用。2023年2月,共有6篇不同专业领域的文章利用MicroED技术进行了晶体的空间三维结构确证。这样密集的数字证明,MicroED已经成为科研领域一个高效、实用的工具手段。
Q1:什么是MicroED?/为什么MicroED可以解析纳米尺寸晶体?
MicroED技术(又称为微晶电子衍射/三维电子衍射) 是一种新的基于电镜解析晶体结构的技术。其原理与X射线衍射类似,但入射光束为高能电子,由于波长更短而与晶体作用更强,因此仅需少量微纳尺寸的晶体即可快速获得电子衍射数据。
Q2:MicroED是如何实现绝对构型解析的?
对于手性结构的化合物,相同化合物在相反手性下产生的动力学效应存在显著差异。在解析出手性化合物相对构型的情况下,可以反过来利用两者在动力学效应的差异,通过动力学精修确认手性化合物的绝对构型。
Q3:MicroED的优势是什么?
微纳米尺寸晶体:相比于传统的X射线衍射,MicroED所需的晶体尺寸非常小,大于100纳米的晶体即可在电镜下获得衍射数据。
省时:即使是只合成出了粉末状的样品,也会有符合要求尺寸的晶体藏在其中,从此告别费时费力的单晶培养过程。
混合样品独立结构解析:混合组分的样品,也可以直接在电镜下进行不同物相的识别以及纯相的结构解析。
Q4:MicroED的适用范围
· 小分子药物、天然产物、共晶复合药物、PROTAC、多肽药物
· 蛋白质、蛋白-配体复合物
· 有机材料