样品准备
在药物研发的过程中,用药物来筛选作用靶点是一个非常重要的环节,能否发现并验证到正确的药物靶点直接关系到后续药物研发的成败。青云瑞晶推出基于化学蛋白质组学的两种最新药物靶点筛选方案——有限蛋白水解质谱技术(LiP-MS)与热蛋白质组学分析(TPP),可以从全蛋白质组层面,高效精准筛选出药物分子可能作用的蛋白靶点。我们提供基于该技术的全套解决方案,包含从样本处理、数据检测到生信分析全流程,加速药物研发进程。
有限蛋白水解质谱技术(Limited Proteolysis Mass Spectrometry)是一种通过研究小分子化合物(天然产物、代谢物等)与蛋白质相互作用,进行药物靶点筛选的技术。
通过小分子药物以单一浓度或多个浓度与细胞裂解物共同孵育,随后短暂暴露于非特异性蛋白酶进行有限酶切。由于小分子药物与蛋白质的结合可能引起蛋白质构象的变化,这种构象变化会影响蛋白酶的切割位点可及性,从而在有限的蛋白酶解过程中产生靶蛋白的特异性片段。接下来,使用胰蛋白酶对这些蛋白质片段进行进一步消化,生成适合定量质谱分析的肽段。通过比较药物处理样品与未处理样品中肽段的丰度差异,可精确识别出与小分子药物结合的蛋白质及其作用位点。
可直接使用药物分子进行实验,避免对小分子改构。
支持复杂生物样本(如菌体、组织液、细胞裂解液等)。
在接近天然的生理环境中直接获取蛋白和小分子的相互作用。
可同时检测蛋白的丰度和结构变化。
结合生信分析,快速获取可能结合靶点名称序列。
结果可直接定位到小分子与蛋白结合的位点,揭示药物作用模式(如变构/正构等)。
样品准备
药物处理
细胞裂解物 添加小分子
细胞裂解物 不添加小分子
蛋白酶解与收集
添加小分子:LiP+Trp&Trp
不添加小分子:LiP+Trp&Trp
质谱检测
使用Orbitrap Eclipse/Orbitrap Exploris480质谱仪检测
数据处理
丰度变化信息
结构变化信息
生信分析
功能富集分析
相互作用分析
报告结果 | 蛋白肽段鉴定信息表 | PPI |
PCA/PLS- DA分析 |
肽段Barcode图 | 相关性热图 | Wood's图 |
差异分析 火山图 |
Peptide profile图 |
肽段定量 热图 |
蛋白质结 构图 |
GO/KEGG |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
LiP-MS 药物靶点筛选 |
| | | | | | | | | | |
附加收费项目 | 分子对接、竞争性测试、分子互作测试(SPR/MST/ITC)、敲低实验、细胞验证实验、动物验证实验 |
热蛋白质组学分析 (Thermal Proteome Profiling)是一种通过检测蛋白质热稳定性,确认与小分子结合的靶蛋白的药物靶点筛选技术。
药物与靶蛋白结合后,由于蛋白的构象、疏水性会产生变化或形成化学交联,引起靶蛋白热稳定性变化。在实验中,通过在梯度温度下处理蛋白质样品,检测蛋白质的热变性曲线,可以发现药物处理后靶蛋白的热稳定性变化,并利用质谱技术对全蛋白质组进行定量分析,从而实现药物靶点的筛选。
全蛋白组水平筛选药物靶点,一次实验可覆盖3000–8000种蛋白质,覆盖率高。
可直接使用药物分子进行实验,得到最真实的药靶结合信息。
支持复杂生物样本(如活细胞、组织、菌体等多种样本类型)。
预测可能存在的直接靶点与间接作用蛋白,有效提升药物靶点筛选效率。
可在完整细胞、裂解液,甚至组织样本中进行,保留天然蛋白质复合物和胞内环境。
样品准备
药物处理
活细胞 添加小分子
活细胞 不添加小分子
温度梯度处理
【单温度】
1个温度,52 ℃
【多温度】
10个温度,37~74℃
质谱检测
使用
Orbitrap Eclipse/
Orbitrap Exploris 480
质谱仪检测
数据处理
相关性分析
聚类分析
生信分析
【差异蛋白筛选】
聚类热图、热熔曲线拟合
【功能富集分析】
GO富集分析…
【相互作用分析】
相互作用网络绘制
报告结果 |
蛋白肽段鉴定 信息表 |
PCA/PLS-DA分析 | 相关性热图 | 差异分析火山图 | 差异分析火山图 | GO/KEGG | PPI分析 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
TPP 药物靶点筛选 | | | | | | | |
附加收费项目 | 分子对接、竞争性测试、分子互作测试(SPR/MST/ITC)、敲低实验、细胞验证实验、动物验证实验 |
请与我们的服务团队进一步沟通
+86 18962587269(业务咨询-微信同号)
+86 15606230810(求职招聘-微信同号)
江苏省苏州市常熟高新技术产业 开发区贤士路 88 号 6 幢1001
广东省深圳市宝安区西乡街道共乐社区铁仔路52升业空间A栋317
contact@readcrystal.com(业务咨询)
hr@readcrystal.com(求职招聘)
版权所有 © Copyright 2024 苏州青云瑞晶生物科技有限公司 苏ICP备2021032617号